در نخستین تغییر و تحول جدی در مجلس نهم، کاظم جلالی، از نمایندگان نزدیک به علی لاریجانی جانشین احمد توکلی، از منتقدان اصول‌گرای محمود احمدی‌نژاد شد؛ تغییری که گفته می شود حاصل ائتلافی نانوشته میان لاریجانی و رئیس دولت است.
کاظم جلالی به همراه احمد توکلی نامزدهای ریاست مرکز پژوهش های مجلس بودند که سرانجام پس از جلسه‌ی هیات رییسه‌ی مجلس، کاظم جلالی به این سمت انتخاب شد. علاوه بر این دو، مفتح، مؤید حسینی صدر و عباس رجایی نیز برنامه‌های خود را به هیات رییسه‌ی مجلس داده بودند.
طبق آیین نامه داخلی مجلس، گزینه های ریاست مرکز پژوهش‌های مجلس، در هیات رییسه مطرح و سپس با حکم رییس مجلس کار خود را آغاز می‌کند.
احمد توکلی، رییس پیشین مرکز پژوهش‌ها، در مجالس هفتم و هشتم این سمت را در اختیار داشت اکنون جای خود را به کاظم جلالی، نماینده‌ی شاهرود و سخنگوی سابق کمیسیون امنیت ملی مجلس داده است.
جلالی نیز در مجلس هفتم و هشتم عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی و سخنگوی این کمیسیون بود. وی همچنین از اعضای حزب اعتدال و توسعه است که در زمره‌ی نزدیکان هاشمی‌رفسنجانی در میان اصولگرایان به حساب می‌آیند. جلالی سه سال نیز در دفتر بازرسی رهبر جمهوری‌اسلامی مشغول به فعالیت بوده است.
برخی از نمایندگان مجلس گفته‌اند که انتخاب کاظم جلالی به عنوان رییس مرکز پژوهش‌های مجلس، قابل پیش‌بینی بوده است. وی که از موسسین فراکسیون اصولگرایان رهروان ولایت محسوب می‌شود، برای ریاست لاریجانی بر مجلس نهم تلاش زیادی; چه در قالب همین فراکسیون و چه به صورت رایزنی با نمایندگان مجلس نهم داشت. بعد از انتخاب لاریجانی به ریاست مجلس، جلالی برای هیچ یک از مسوولیت های هیات رئیسه مجلس یعنی برای انتخاب دو نایب رییس، سه ناظر و شش دبیر مجلس کاندیدا نشد.
اهمیت مرکز پژوهش‌های مجلس در آن است که اعضای این نهاد به بسیاری از اسناد محرمانه نهادهای مختلف در جمهوری‌اسلامی هم‌چون سازمان انرژی اتمی، وزارت اطلاعات و وزارت امورخارجه - دسترسی دارند.
در دوران ریاست احمد توکلی بر مرکز پژوهش‌ها، بسیاری از حامیان احمدی‌نژاد به مخالفت با تصمیمات این مرکز پرداختند. آن‌ها گزارش‌های مرکز پژوهش‌های مجلس را تحت تاثیر جهت‌گیری‌های سیاسی توکلی می دانستند.
توکلی در مجلس هفتم به دلیل نزدیکی با حدادعادل به ریاست این مجلس انتخاب شده بود؛ انتخابی که در مجلس هشتم نیز ادامه یافت. برخی از حامیان احمدی‌نژاد در مجلس بر این عقیده بودند که دلیل تداوم ریاست توکلی بر مرکز پژوهش‌ها در مجلس هشتم، تلاش برای تقسیم قدرت میان طیف لاریجانی و حامیان حدادعادل بوده است. اما پس از انتخابات مجلس نهم و گزینش هیات رییسه، میان حامیان احمدی‌نژاد و لاریجانی، ائتلافی نانوشته علیه توکلی به وجود آمد.
بخشایشی، از نمایندگان دوره‌ی جدید و از اعضای جبهه پایداری، درباره‌ی ریاست توکلی بر مجلس گفته بود: “بزرگ‌ترین انتقادی که به مرکز پژوهش‌های مجلس وارد است، یکسویه‌نگری است. این مرکز در قبال طرح‌ها و لوایح نباید حب و بغض‌های شخصی را مطرح کند اما متأسفانه چنین نیست. تا جایی که من خبر دارم، کل گزارش‌های مرکز یکسویه و علیه دولت است”.
وحید یامین‌پور، از کارکنان صدا و سیما و از نویسندگان سایت رجانیوز نیز درباره‌ی ریاست توکلی نوشته بود: “بالاخره آقای دکتر توکلی ۸ سال است که ریاست این مرکز را برعهده دارند و مدیران اصلی مرکز هم ۸ سال است که کم و بیش در این سمت هستند، فکر می‌کنم خود آقای توکلی هم تمایلی به این نداشته باشند که مسئولیتشان را ادامه بدهند ضمن اینکه اقتضای پیشرفت در یک نهاد این است که لااقل بعد از ۸ سال تغییر و تحولاتی در سطوح عالی مدیریتی یک دستگاه اتفاق بیفتد”.
وی همچنین برخی اختلافات میان قوه مجریه با مجلس و قوه قضاییه را نتیجه‌ی گزارش‌های این مرکز دانسته بود: “چه بخواهیم و چه نخواهیم مواضع سیاسی آقای توکلی و سایت الف بر مرکز پژوهش‌ها سایه انداخته است”.
این همان نکته‌ای بود که توسط سخنگوی فراکسیون رهروان ولایت ـ حامیان علی لاریجانی - نیز مورد تاکید قرار گرفته بود: “ضمن اینکه زحمات فراوانی در این مرکز کشیده شد اما نگاه سیاسی مدیریتی این مرکز صدمات و خسارات بسیاری وارد کرده است. چون یک فرد سیاسی بر آنجا مدیریت می‌کرد همه کارکردهای این مرکز آغشته به نظرات و دیدگاه‌های سیاسی آن فرد بود”.
احمد توکلی و رسانه‌ی تحت نظر وی نیز در این مدت انتقادهای مختلفی را از لاریجانی مطرح کرده اند. توکلی زمانی عملکرد حدادعادل در مجلس هفتم را موثرتر از ریاست لاریجانی در مجلس هشتم دانسته بود. وی همچنین در زمان بازداشت مدیر سایت رجانیوز ـ که به دلیل شکایت علی لاریجانی اتفاق افتاد ـ از رییس مجلس انتقاد کرده بود.
سایت الف، رسانه‌ی متعلق به احمد توکلی نیز، بارها به انتقاد از لاریجانی پرداخته بود. این رسانه در آخرین نمونه از این دست پس از انتشار اسنادی درباره‌ی زمین‌خواری برادران لاریجانی، خواستار پاسخ‌گویی آن‌ها شده بود.
