۲۹ مردادماه زمانی که رضا فرجی‌دانا وزیر سابق علوم، تحقیقات و فناوری با رای نمایندگان مجلس استیضاح و برکنار شد، محمدعلی نجفی که خود پیش تر برای احراز پست وزارت موفق به کسب رای اعتماد مجلس اصولگرا نشده بود با حکم حسن روحانی رئیس جمهور ایران به عنوان سرپرست وزارت علوم معرفی شد. سرپرستی محمد علی نجفی بر وزارت علوم در حالی تداوم یافت که بعد از برکناری رضا فرجی دانا، وزیر سابق علوم در دولت روحانی، مجلس شورای اسلامی صلاحیت محمود نیلی احمدآبادی و فخرالدین احمدی دانش آشتیانی دو نامزد پیشنهادی برای تصدی این پست را رد کرد.
اما مهلت سه ماهه سرپرستی نجفی در وزارت علوم ۲۹ آبان‌ماه به اتمام رسید. از آنجا که براساس ظاهراصل ۱۳۵ قانون اساسی، مهلت اداره یک وزارتخانه با سرپرست سه ماه است بنابراین بعد از رای عدم اعتماد مجلس به دانش آشتیانی چهارمین گزینه پیشنهادی دولت برای وزارت علوم، ادامه سرپرستی محمدعلی نجفی در وزارت علوم با ابهاماتی رو به رو بود.
برخی از نمایندگان مجلس و عده قلیلی از حقوقدانان ادامه سرپرستی نجفی در وزارتخانه را منوط به حکم حکومتی رییس‌جمهور از رهبری عنوان کرده بودند.در همین زمینه عباسعلی کدخدایی، مشاور عالی دبیر شورای نگهبان با ذکر این موضوع که قانون اساسی و تفسیر اصل ۱۳۵ درباره ادامه سرپرستی وزارتخانه بیش از سه ماه مسکوت است، گفته بود: “این امر، جزو اختیارات ولی فقیه است. شخص رییس‌جمهوری می‌تواند چنین درخواستی کند، در آن صورت رهبر معظم انقلاب به این موضوع ورود می‌کنند.” به گفته او در اصل ۱۳۵ قانون اساسی تصریح شده است که رییس‌جمهوری باید برای وزارتخانه‌هایی که سرپرست ندارند، برای مدت سه ماه سرپرست تعیین کند بنابراین بیشتر از سه ماه فردی نمی‌تواند سرپرستی این وزارتخانه را برعهده بگیرد.
در مقابل، ادامه حضور نجفی در وزارتخانه در حالی که حق امضا و پیگیری مسائل معاونان در این وزارتخانه را نداشته باشد، راه‌حل دیگری بود که در این زمینه مطرح شد. محمد دهقان، از اعضای هیات رییسه مجلس، پیش از این گفته بود: “در فرصتی که از پایان سرپرستی تا رای اعتماد وجود دارد سرپرست نامه‌یی را امضا نکند و معاونان کارها را پیگیری کنند.”
در نهایت اما، رییس‌جمهور برای ادامه سرپرستی محمدعلی نجفی در وزارت علوم حکم حکومتی گرفت. به گزارش روابط عمومی وزارت علوم “در پی نامه رییس‌جمهور به مقام معظم رهبری و موافقت معظم له و براساس نامه مورخ ۲۹/۸/ ۱۳۹۳رییس دفتر و سرپرست نهاد ریاست محترم جمهوری، مدت سرپرستی دکتر نجفی در وزارت علوم تا زمان اخذ رای اعتماد وزیر پیشنهادی علوم و صدور حکم وزارت تمدید شد.”
محمدعلی نجفی، سرپرست وزارت علوم، نیز با بیان اینکه رییس‌جمهوری با دریافت مجوز از رهبر معظم انقلاب اسلامی حکم سرپرستی‌ام را تمدید کرده است، در پاسخ به این سوال که برخی رسانه‌ها مدعی شده‌اند شما با وجود پایان یافتن مهلت قانونی سرپرستی با نامه رییس‌جمهوری در وزارت علوم حضور یافته‌اید، گفت: “رییس‌جمهوری برای این کار از مقام معظم رهبری مجوز گرفته‌اند.”
هر چند محمد فرهادی پنجمین وزیر پیشنهادی حسن روحانی برای تصدی پست وزارت علوم، موفق شد با کسب ۱۹۷ رای موافق طلسم این وزارتخانه را شکسته و با اخذ رای اعتماد از مجلس به وزارت علوم دست یابد اما سرپرستی محمد علی نجفی بر وزارت علوم با صدور حکم حکومتی مقام رهبری ایران همچنان بعنوان یک بحث حقوقی قابل تامل است زیرا اصل ۱۳۵ قانون اساسی مقرر میدارد سرپرستی محمد علی نجفی بر وزارت علوم با صدور حکم حکومتی مقام رهبری ایران در حالی تمدید گردید که اصل ۱۳۵ قانون اساسی مقرر میدارد: “وزرا تا زمانی که عزل نشده اند و یا بر اثر استیضاح یا درخواست رأی اعتماد، مجلس به آنها رأی عدم اعتماد نداده است در سمت خود باقی میمانند. استعفای هیأت وزیران یا هر یک از آنان به رئیس جمهور تسلیم می‌شود و هیأت وزیران تا تعیین دولت جدید به وظایف خود ادامه خواهند داد. رئیس جمهور می‌تواند برای وزارتخانه هایی که وزیر ندارند حداکثر برای مدت سه ماه سرپرست تعیین نماید.”
با مداقه در قسمت اخیر این اصل که می گوید “رئیس جمهور می‌تواند برای وزارتخانه هایی که وزیر ندارند حداکثر برای مدت سه ماه سرپرست تعیین نماید.” موارد ذیل قابل امعان نظر است.
۱- طبق اصل ۱۳۵ قانون اساسی رئیس‌جمهور اختیار دارد برای وزارتخانه بدون وزیر به مدت ۳ماه سرپرست تعیین نماید.
۲- قانونگذار در قسمت اخیر اصل۱۳۵ انجام این موضوع را به جهت میزان دفعات در قید وانحصار مطرح نکرده در واقع قانونگذار بیان نکرده است که رئیس‌جمهور منحصراً یک نوبت یا فقط به مدت ۳ماه تعیین سرپرست کند.
۳- دلیل و اماره ای به نظر نمی‌رسد که در مورد تعیین سرپرست موضوع تجدید یا تکرار منتفی باشد.
۴- در مواردی که یک موضوع یا عمل را صرفا یکبار و یک دفعه می‌توان انجام داد و تجدید وتکرار آن جایز نیست، باید این امر به صراحت ذکر و تصریح شده باشد
۵- قید “حداکثر برای مدت ۳ماه ” در قسمت اخر اصل۱۳۵ در واقع مربوط به مدت زمان ناظر بر هر یک از دفعاتی است که به علت رای منفی مجلس به بلاتصدی بودن وزارتخانه‌ای تکرار می‌شود وتداوم می‌پذیرد. یعنی در هر مورد عدم رای اعتماد یک موعد جدید یا یک موعد واحد برای سرپرستی وزارتخانه آغاز می‌شود. در نتیجه موضوع رای عدم اعتماد و تعیین سرپرست می‌تواند بدون پایان و انتهایی مورد تجدید و تکرار قرار گرفته و ادامه یابد
بر اساس آنچه گفته شد: تداوم سرپرستی محمد علی نجفی بر وزارت علوم می توانست بر اساس مفاد اصل ۱۳۵ قانون اساسی صورت پذیرد نه حکم حکومتی مقام رهبری ایران زیرا اساسا حکم حکومتی در شرایط استثنایی و در صورت عدم پیش بینی قانونی مهیای صدور است به همین جهت است که با وجود نص صریح قوانین بطور معمول حکم حکومتی صادر نمی شود زیرا در غیر اینصورت به جای تکیه بر قانون، اتکاء به نظرات فردی روندی معمول یافته و موجب بدعت خواهد شد.